MSc thesis


The following thesis are|were developed with support of HPC infrastructure SeARCH-ON2.
Ongoing thesis
Catarina Roque; “Biossíntese de novos compostos emulsificantes para aplicação cosmética “; Mestrado em Química Medicinal – Centro de Química, UM; Resources: Gaussian 09; GROMACS; Supervision: Tarsila Gabriel Castro; Duration: 2021/2022.
Francisco Pereira; “Experimental and computational elucidation of b-amyloid fibril formation”; Mestrado em Bioquímica Aplicada; Resources: GROMACS; Supervision: Tarsila Gabriel Castro; Duration: 2022/2023.
Concluded thesis
Vitor Lobo; “Rational design and synthesis of novel selective PI3K inhibitors for cancer therapy”; Mestrado em Química Medicinal – Centro de Química, UM; Resources: Gaussian 09; Supervision: Tarsila Gabriel Castro. concluido
André Liu, “3D Modelling and Shaders – Debugging”, Mestrado Eng. Informática, 2014, (orientador: António Ramires Fernandes)
Cristiano Rafael da Silva Sousa, “Efficient sequential and parallel versions of MST-solvers for multi-core CPU-chips and GPUs”, Mestrado Eng. Informática, 2014, (orientador: Alberto José Proença; co-orientador: Artur Mariano, Univ. Darmstadt)
David dos Santos Pereira, “Numerical modeling of extrusion forming tools: improving its efficiency on heterogeneous parallel computers”, Mestrado Eng. Informática,  2014, (orientador: Alberto José Proença; co-orientador: Nelson Gonçalves (empresa em formação)
Diogo da Cunha Rodrigues, “Simulação em ambientes paralelos da dispersão de fotões num guia da luz”, Mestrado Eng. Informática, 2014, (orientador: João Luís Sobral; co-orientador: Eduardo Pereira, C. Física)
Diogo Lopes, “State of the Art on Atmospheric Scattering”, Mestrado Eng. Informática, 2014, (orientador: António Ramires Fernandes)
Fábio José Gonçalves Correia, “Assessing the Hardness of SVP Algorithms on Multi-core CPUs”, Mestrado Eng. Informática, 2014, (orientador: Alberto José Proença; co-orientador: Artur Mariano, Univ. Darmstadt)
José Filipe Moreira da Silva Figueiredo, “Implementação de um algoritmo genético híbrido com simulated annealing para o problema job shop”, Mestrado Eng. Sistemas, 2015, (orientador: José António Oliveira)
Mário João Guedes Pinto, “Aquisição Rápida 360° de Informação 3D usando uma Configuração Estática”, Mestrado Eng. Informática, 2014, (orientador: Luís Paulo Santos)
Mário Jorge Meira de Abreu, “Problema de Orientação de Equipas (TOP) Aplicado a Linhas de Engarrafamento Móvel”, Mestrado Eng. Sistemas, 2014, (orientador: José António Oliveira)
Rafael Caldeira Silva, “Estudo de viabilidade de paralelização de códigos de análise de dados em PROOF”,  Mestrado Eng. Informática, 2014, (orientador: António Pina; co-orientador: Nuno Filipe de Castro)
Samuel Santos Almeida, “Desempenho de compressores em dados científicos: um estudo comparativo”, Mestrado Eng. Informática, 2014, (orientador: António Pina; co-orientador: Manuel Melle Franco)
Bruno Tiago Abreu de Araújo, “Modelling liquid surfaces on multi-core CPU and Xeon Phi devices”, Mestrado Eng. Informática, (orientador: Alberto José Proença; co-orientador: José Luis Martins Alves)
João Tiago Araújo da Silva, “Molecular dynamics simulations in heterogeneous systems”, Mestrado Eng. Informática,  (orientador: João Luís Ferreira Sobral; co-orientador: António Joaquim Esteves)
José Ricardo Cunha da Silva Ribeiro, “Improving the performance of liquid surfaces modelling in heterogeneous environments”, Mestrado Eng. Informática, (orientador: Alberto José Proença; co-orientador: José Luis Martins Alves)
Jorge Miguel Ferreira de Oliveira, “Exploração de paralelismo em aplicações “stencil””, Mestrado Eng. Informática, (orientador: João Luís Ferreira Sobral)
Sérgio Branco Amorim, “Utilização de Computação de Elevado Desempenho para a simulação de problemas de hidrodinâmica costeira”, Mestrado Integrado Eng. Civil,  (orientador: José Luís da Silva Pinho)
Tiago Augusto Simões Martins, “Exploração de paralelismo massivo em algoritmos evolucionários”, Mestrado Eng. Informática, (orientador: João Luís Ferreira Sobral)